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化学制药是指采用一个或一系列化学反应生成药物活性成分的过程，包括完全合成制药和半合成制药。化学制药产生污染的主要原因是由于生产过程中原料药利用率低，这些原料排放到废水中，使废水成分复杂、污染物浓度高。
污水来源：
化学制药过程主要是通过化学反应合成药物或对药物中间体结构进行改造得到目的产物，然后经脱保护基、分离、精制和干燥等工序得到终产品。生产废水主要有以下几种：
1、工艺废水。主要来源于合成、结构改造、分离、精制等工艺，如各种结晶母液、转相母液、吸附残液等；
2、冲洗废水。包括对反应器、各种生产设备及用具的洗涤及地面冲洗水；
3、回收残液及辅助过程用水。
废水的特性：
1、由于生产的具体品种不同，化学合成反应过程亦存在显著差异，一般合成一种原料药需几步甚至十几步反应，使用原材料由数种到数十种，根据原料药的种类及数量，使得废水浓度变化大。其cod浓度可在几百到几万mg/l，悬浮物浓度在几十到几千mg/l波动，ph值在1～11均有可能，部分废水含有高浓度的氨氮；
2、无机盐常成为合成反应的副产物而残留在母液中，因此废水的含盐量较高；
3、废水可生化性较差，缺乏一定的营养源，某些成分甚至具有生物毒性。
针对以上特点，对废水的难点进行分析并提出解决方法：
1、由于废水浓度变化较大，其污染物主要是常规污染物，因此需对废水进行检测化验；
2、含盐量较高。高盐废水难处理不仅在于对微生物生长的抑制作用，在工程实践中，还容易对污水管道设备、污水池进行腐蚀，在处理工艺及设备的选择上均需注意防腐；
3、需采取预处理措施提高废水的可生化性，去除废水中有毒有害物质，必要时在生化前补充营养物质。
由于化学制药废水除了高浓度的母液外，更多的是用于清洗设备的低浓度废水，因此在处理工艺中，一般将高、低浓度废水混合调节后进入污水处理系统。其次，废水中的污染物主要是常规污染物，应将高效经济的生化法作为主要处理工艺。然而，废水的可生化性及生物毒性使必须先对废水进行预处理。
综上所述，化学制药废水的处理工艺为：预处理→厌氧（或水解酸化）→好氧→深度处理。
国内目前大部分化学制药类企业均采用厌氧 好氧工艺，厌氧以uasb、egsb为主；好氧则以接触氧化、序批式活性污泥法居多，出水各项指标均能达到《制药工业水污染物排放标准——化学合成类》规定的要求，其投资成本及运行成本也低。
